こんにちは、工藤です。

今回は以前まとめたものが古かったので、jQueryを使ったモーダルウィンドウのプラグインを改めてまとめました。
レスポンシブ対応しているもののみに絞っています。

Boxer（Lightbox）

DEMO GitHub（Boxer） GitHub（Lightbox）

以前までは『Boxer』というプラグイン単体だったのですが『Formstone』というテーマの1つになり、それに伴い『Lightbox』という名前に変更になったようです。ややこしいです。
ただ比較しても挙動は（見た限りだと）そんなに違わないので好きな方を使ってよいかと思います。
『Boxer』の方が設置は簡単です。

このプラグインのいいところはレスポンシブに対応している、かつスマートフォンで見た場合には最適化して表示してくれるところです。

こんな感じにきれいに表示してくれるので重宝しています。
動画やインラインなどにも対応しています。

Remodal

DEMO GitHub

こちらもレスポンシブできれいに表示してくれます。そしてなにより軽いです。
スマートフォンでも全くストレスなく表示してくれます。
ただ、テキストのみの表示向けなので、そのあたりはうまく使い分けてください。

animatedModal

DEMO GitHub

面白い動きをしながらモーダルを全画面表示してくれるプラグインです。
スマートフォンでも同じように全画面で表示してくれるので、領域が広く使えるのが良いです。

Magnific Popup

DEMO GitHub

一見シンプルそうなのですがGoogle Mapの表示も行ってくれたり、インラインもきれいに表示してくれるプラグインです。
IE 7から対応している上にスマートフォン（特にAndroid）まわりでも不具合などが少な目なのがありがたいです。

Swipebox

DEMO GitHub

名前の通り、ギャラリーの表示をスマートフォンではスワイプで切り替えることができるプラグインです。
動画も対応しており、動作もサクサクしているのがいいですね。